Виктор Петров

Тогда схема какая-то странная. 
Можно заточить эти дропы под локальные адреса и использовать не для передачи веса, а как сетку - притом легальную. Ну или просто дропы (домены, не сайты) подклеить к основному домену, тут вообще никакого криминала.

Не понял. Задваивается один и тот же текст из дескрипа?
Если так - то ПС не может подтянуть более интересную информацию с вашей странички, не хватает релевантного контента. Пример бы посмотреть. 

Ссылки ради ссылок не нужны. У вас есть релевантная страничка, которая по каким-то причинам зависла в топ-30 или даже ниже и её нужно немножко допинать - вот тут ссылочное и полезно, тем более, если речь о жирной анкорной ссылке. Иначе это просто имитация линкбилдинга, "чтобы было".
Для примера: год назад тремя или четырьмя ссылками по кластеру "заказать контекстную рекламу" удалось за пару недель поднять в топ-5 страничку с позиции топ-30+ в Яндекс. Мелкая неизвестная студия несколько месяцев держалась выше ашмановской студии и прочих только на высокой текстовой и коммерческой релевантности и этих ссылках. Бюджет был меньше вашего на одну ссылку. Правда, и тексты для ссылок тоже были хороши. Но факт, что ничего больше не делалось - а результат был.

Заходы не по запросам из топа могут быть по нескольким причинам.

• Да, вероятнее всего, это боты.
• В некоторых тематиках позиции колбасит в пределах 30 пунктов вверх-вниз. Меняться в течение дня может несколько раз. С чем связано? - Может быть, корректировки "бандита", может быть, так теперь принято работать алгоритму семантического поиска.
• Нерелевантный топ, когда людям приходится перелистывать выдачу в поиске нужного ответа. Тут уж выдачу оценивайте. Я иной раз и до 6-7 страницы могу дайти, если речь об информационном поиске.

Отсекать их  в статистике я бы не стал. Если у вас есть релевантные этим запросам страницы - подумайте лучше, как их допинать до топа.

Я такое получал и на сайтах со шрифтом от 14, но без турбо. 

Это не ручная проверка. 

Бесит-то бесит, но сайтец - о медицинке, да ещё с рекомендациями. Зона внезапного ататат, тут хоть какая-то отмазка перед проверками.

Это автоматом генерится. Нет турбы - неоптимизирован.

Вот это и изумительно. Яндекс устраивает выборочные показательные РУЧНЫЕ порки, а допилить алКоритм до ума не в состоянии.
Я более имел в виду масштабы фейкового трафика.

Ну, от 404-х реального вреда сайту нету, в больших магазинах - обычная история. Если что - можно 410 отдавать (чтобы ПС понимали, что файл окончательно удален, и ссылки на него в индексе не держали, как в случае 404-х), или 301-й настроить на категорию. Скажем, производитель снял с производства модель и выпустил новую - тут 301-й будет хорошим решением.
Если дело только во внутренних ссылках - ну, стоит раз в квартал парсить сайт в поиске таких ссылок в рамках сайта и править, если что-то найдётся. Из соцсетей спустя месяцы по ссылке едва ли кто-то пойдёт, да и в индекс они попадают очень редко.
Как я уже упоминал, не сносить отсутствующие товары имеет смысл в том случае, если ваша категория не добирает по ключам в заголовках карточек товаров. Если же товар просто удаляется и нигде не выводится - тут терять нечего, нет проблемы.

Если товарные странички сами по себе не привлекают поискового трафика - можно отдавать 404, сиречь просто удалять. Не лучший вариант.
С ноиндекс и вовсе не стоит так делать. Либо страница в индексе - либо её не надо. Тут тоже могут быть варианты, но копить поисковый мусор смысла нет - разве что ради листинга, если ассортимент маловат.
Я бы предложил оставлять как есть - просто писать, что нет в наличии, а в листинг выводить в последнюю очередь, после товара в наличии.
Кроме того, обязательно предложите товары на замену - похожие. Под это же дело (если товар может появиться в будущем) интегрируйте возможность получить уведомление, когда товар появится.
Для размышлений: неплохой материал на эту тему.