Виктор Петров

Как минимум стоит подумать, откуда эти страницы нарисовались. Я бы начал с анализа логов, там многое может вскрыться - плагины, генерирующие какие-то URL-прокладки, переходы по левым (или давно мёртвым) ссылкам, активность каких-то зловредных ботов - всё это может влиять на сканирование гуглоботом. И по фактам уже думать, как это утилизировать, или игнорировать, или исправлять. Что-то можно редиректнуть, что-то - заблокировать.
Ну а вообще проблема не очень важная чаще всего, если не индикатор реальных проблем с техничкой.

Есть нюанс - миллионы мух, которые не могут ошибаться.
Аудитории нужны помойки типа Дзен. Они хотят ругать в комментах автора, путина, госдеп, посылать всех направо и налево, им нужны простые, понятные и удобные ответы на запросы. Им класть на экспертность, уникальность по адвеге, авторитетность домена и количество ссылок.
Вот, собственно, и ключик.

Потому что при любых условиях папки разумнее. Основные причины я уже упомянул. Такая реализация хорошо себя показала и в Гугл, и в Яндекс, и у неё нет тонны недочётов, характерных для субдоменов или дополнительных национальных доменов.
Дело, конечно, житейское, но хотя бы ради ссылочного намного выгоднее качать один домен, а не пять или больше.

Папки, конечно.
Всё остальное решается с помощью hreflang.
Масштабировать потом можно как угодно. И да, не будет проблемы с хостом - на поддоменах же придётся качать каждый по отдельности, от хоста они ничего не получат. 
Главная не может и не должна быть ни пустой, ни перенаправляющей куда-то. Выбирайте одну версию, заточенную под наиболее важный регион и основной язык, и укажите в hreflang альтернативные версии. Этого достаточно.
На первых порах возможно будет некоторая "колбаса" с выдачей (в расширенный сниппет залетают страницы на несооответствующих языках), но это быстро устаканивается. 

Изменения есть, хотя в малых объёмах, выборочно - и я видал только по информационке. Яша научился ранжировать не документ целиком, а заданную часть, если реализация страницы это позволяет. С синонимами лучше стал работать - и в ряде случаев даже действительно проявляет признаки понимания смысла текста без ключей.
В коммерции никаких изменений я пока не вижу, и ни о каком апдейте говорить не стал бы. Его просто колбасит по чёрному с прошлого февраля, натуральная эпилепсия. На этом фоне никакие YATI и разговоры про семантический поиск не канают. Примерно как дорогой галстук на бомже с помойки не добавит бомжу "дорогого" вида.

Да не работают эти ваши уникализации никак. ПС давно распознают, что там, на картинке, отлично находят видоизмененные копии после любого редактирования, и текст с картинки тоже считывают на ура. Всё, что попало в индекс - давно тегировано и категоризировано.
Ну и собственно значимость уникальности сильно-сильно преувеличена. Да, стоковые картинки - это балласт, никакой ценности контенту не добавляющие. Но и порожняковые "уникальные" - тоже балласт, и тратить на это ресурсы просто незачем.

Не понял, ваш сайт блокнули мимиходом? По ip что ли на шареде?
Так обычное дело. Либо покупайте выделенку, либо пишите хостеру, чтобы площадку поменял. Обычно решается в течение нескольких часов.

так я вот больше про переходы из серпа и говорю. Закладочный - это лишь малый процент всего и часть расписанного ламерам алгоритма, которому они слепо следуют, плохо понимая основы. Сказали - сделал. И после этого очередной потерпевший идёт на "Сёрч" с темой "Чо делать"

Да низачем, конечно, если это не опт и не потенциальные партнеры.
Я скорее про общий тренд с этими блокировками. Похоже, что в ближайший квартал услуга по настройкам такого рода принесет кому-то неплохой профит. Но дальше?

Ищите способ прописать Москву на странице контактов, они это проверяют. Это может быть адрес компании-партнёра, какой-то точки продаж, иной раз даже фейковый адрес где-нибудь в ТЦ с кучей адресов, которые не проверишь - но лучше, если к этому у вас будет ещё московская SIM-карта на номер, куда они смогут позвонить и спросить: "Вы чо, реально в Москве?" - и вы им скажете "Ещё как!"