Да запарили они с этим "site:"- реально только приблизительно можно понять в индексе сайт или нет.
На практике: domain.tld (разделы сайта html и models по общему признаку в url никак не пересекаются)
site: domain.tld - Результатов: примерно 2 280
site: domain.tld inurl:html - Результатов: примерно 1 800
site: domain.tld inurl:models - Результатов: примерно 1 060
по другим inurl: есть еще незначительное количество не пересекающихся с предыдущими результатов...
Данные из сёрчконсоли:
Страница без ошибок - 2,75тыс.
Страница отправлена и проиндексирована - 1826
Короче, с арифмеетикой у жужела печаль-беда и в выдачи и в консоли.
Не знаю, как у вас, а у меня сразу, в ту же неделю начинается видимость изменений. Но из-за больших объемов сайтов (работаю по НЧ, тысячи страниц) этот процесс уж очень долго тянется. Ускоряю через IndexingAPI, но заметил одну особенность: бот прибегает сразу же, съедает, в течение суток страница в индексе....... и далее никакого толку, пока бот по собственному рандомному желанию ещё раз на неё не зайдет - вот тогда уже и контент и ссылочное начинает учитываться. А пока этого не произойдет - толку от такого индекса ноль. Промежуток между заходом бота, натравленного через IndexingAPI, и просто "дежурного по больнице" бота может быть от нескольких дней до нескольких месяцев - это как раз в среднем те 3 месяца, о которых вы пишите.
И еще подметил один момент: если на регулярной основе натравливать бота через IndexingAPI, со временем частота посещения обычного бота (без учета "натравленного") существенно увеличивается.
Я тоже подобное наблюдал именно в этот период. Был кореап и начали запускать PageExpirience. Вот и всё объяснение неожиданному росту.
Т.е., это и есть по сути "ничего не делать и забить" - в очередной кореап полюбому что-то меняется.