А вы смотрели, на какие домены распространяется сертификат (включает ли он поддомен www)? Возможно, дело в настройках, а не в сертификате. Также есть вероятность, что после изменения настроек обновится и сертификат.
В сервисе по ссылке выше таких проблем нет: http://www.estic.ru (в нем всегда бесплатный сертификат выпускается на домен и поддомен www, но можно попросить выпускать только для поддомена www).
Количество практически всегда проблематично использовать. Что если корзины расформировываются после заказа товаров из них?
Если страниц относительно немного, может, проще прописать перенаправление для каждой, оставив страницу 404 "в фоне" на старом домене? В таком виде это будет выглядеть не так нелепо, как вы того просите.
Они это вам лично писали? Или можно прочитать в публичном источнике?
Видимо, вы не в полной мере использовали свой домен. Ссылки с "трастовых" ресурсов, наружная реклама, визитки и т.п. Если пользователи не найдут вас по ссылке - это еще полбеды. Хуже, если они найдут по ссылке кого-то другого, думая, что это вы.
К тому же есть домены, которые сами по себе представляют большую ценность.