Если дерево большое его можно обрабатывать не целиком, а только по запросу.
У вас противоречивые требования. Если дерево генерируется через JS оно уже не будет индексироваться.
Посмотрите индексируемые варианты
http://onlinetools.org/tools/dom-tree-menu-puredom/
http://vitaly.harisov.name/example/simple-tree/
http://vitaly.harisov.name/example/tree/
Скрипты могут попасть под действие авторских прав. А там наследники получают копеечку за продажи (если они есть).
Статья 1112. "Не входят в состав наследства личные неимущественные права и другие нематериальные блага." Домен - как раз тот случай. Многостраничный флейм юристов по этому поводу можно посмотреть на форуме "Интернет-право"
ЗЫ Озаботился этим вопросом пару лет назад, когда собрался отбрасывать коньки. Да вот вроде не умер. Но все пароли, логины доступа передал друзьям. То что особо ценно перевел с себя на другое лицо.
Лучше проконсультируйтесь у юристов по этому вопросу. Есть в этом деле странная юридическая закавыка. Домен - типа не имущество, а нечто типа делегированных РОСНИИРОС прав на управление доменом физическому лицу. И вроде сегодня пока нет точных юридических норм позволяющих этот вопрос как-то урегулировать.
На юр.форумах по этой части много флейма было.
Чем меньше внешних ссылок тем больше PR достанется внутренним страницам. Соответственно в поиске по низкочастотным получается выигрыш.
Кроме noindex не забывайте про rel="nofollow" для Google
большая часть тем обсуждалось в этом форуме сто и более раз.
Все через это проходят. Время вылечит.
Интересно, что в первой статье посвященной Web 2.0 SEO было отличительным признаком WEB 2.0
Ajax - это только один из элементов Web 2.0 и не самый важный. Есть еще синдикация/web-службы, комьюнити а'la Wiki/LJ как средство создания контента, и др.
Думаю на компьютерах спецсборки самоликвидация путем подрыва предусмотрена.