Виктор Петров

Преувеличение.
Сами по себе урлы с параметрами ничуть не лучше, чем ЧПУ - если, конечно, не плодят дубли. Плодят ли они в данном случае - мы не знаем. Сказано лишь, что в конец урла нечто подставляет (?)
Лимиты на обход актуальны для сайтов большого объёма - очень большого объёма. Ну, и НКС - это всё же про качество контента и траф на страницу, а не про параметры в урлах и дубли.

Ну, если есть способы регион подвязать. На одних топонимах далеко не уедешь. Сколько сталкивался - худо-бедно оптовики и производители так могут траф собирать хотя бы по минималке.

Дело исключительно в работе с региональностью - и разницей в ПС. Если у вас в заданном регионе есть офис, склады, магазины - можете смело делать на субдоменах, хорошо пойдёт и в Яндексе, и в Гугле. Главный минус - это отдельный сайт, и на его продвижение вам понадобятся ресурсов, основной домен не передаст ничего.
Если же вы работаете только через интернет, и никаких представительств у вас в заданном регионе нету - папки намного разумнее. 

Схема не подразумевает частников. Схема подразумевает страны "партнеров" и восстановление товарооборота с попутным объяснением, чьи в лесу шишки и откуда в хлебе дырочки.

Чё-т у вас всё в кучу.
Аффилиаты - это не про дубли. Это про попытку отфильтровать бизнеса, которые пытаются подмять под себя всю выдачу.
Ваши субдомены под разное гео склеиваться не будут - разве что по ошибке. Ежику же понятно, что это один магазин, просто целевая локация - разная. Ну и разумеется, ранжирование будет сильно зависеть от того, как вы адаптируете сайт под эту локацию.
Вообще говоря, тема с субдоменами под новые регионы потихоньку отходит в архивы. Гугл и раньше это плохо кушал, да и в Яндексе уже есть способы представить такой контент более внятно - за счёт той же шаблонизации, на папках. Под Битрикс есть модули, позволяющие подставлять топонимы в тайтлы и заголовки, прайс для заданного региона, шаблонизировать описания для категорий и т.п.

Подождём до 1 апреля: по идее, одна труба в этот весёлый и шутейный день может призакрыться.
Сейчас еврики намного интереснее летят, чем баксики.

Тема подробнейшим образом разобрана с 2020 года. Ваш сайт используется для нагула профилей, используемых для накрутки поведенческих факторов.
Ничего сомнительного, все несомненно.

Шаблонизация - первый шаг к эффективности работы.
Но суть-то не в этом. Российские хостеры сейчас явно не готовы собирать максимум возможной клиентуры, реагируя на каждый чих потенциального клиента.
Я не оцениваю, я констатирую.

Ну тут как бы и 25 порт подтверждает. Не настолько в РФ плохо с клиентами, чтобы подписываться заведомо на неприятности.

Да, это атавизм.
Нет, убирать не стоит. Хотя бы потому, что помимо Яндекса и Гугла есть и другие ПС.
Вообще говоря, все такие штуковины решаются с помощью канонических адресов и настроек индексации. Сам по себе атрибут rel актуальности не потерял, но не в случае определения релевантности и не для пагинации.