Причина аффилиата

Данная ситуация связана с алгоритмом группировки сайтов. Группировка результатов поиска Яндекса производится по сайтам, где под сайтом подразумевается логическое объединение – группа страниц, принадлежащая одному источнику. В общем случае в сайт могут быть объединены несколько доменов третьего или четвертого уровня. При этом по конкретному запросу, как обычно, выдается одна страница с сайта – наиболее релевантная.
Если кратко, то когда мы считаем, что поддомены А, Б, В принадлежат одному владельцу, и все на одну тему, пользователь увидит в результатах поиска один сайт, и это правильно (зачем пользователю дубликаты?) Если А, Б и В на разные темы, то они будут находиться по разным запросам, и никакого конфликта интересов не существует.
В данном конкретном случае мы считаем, что сайты *.site.ru принадлежат одной компании и поисковая машина на запрос выдаст самый релевантный из них. Ищущему человеку важно найти ответ на свой вопрос.
В данной ситуации рекомендую Вам продолжать развивать domain.site.ru, если страница будет признана алгоритмами наиболее релевантной среди поддоменов *.site.ru, она сможет находиться по этому запросу.
Наши рекомендации по развитию сайта Вы можете найти на страницах Помощи: http://help.yandex.ru/webmaster/?id=1108938 .