Ну вроде должно хватать, хотя мадженто и прожорлив, но вряд ли ему больше 512 Мб памяти ( а у Вас тем более 756 Мб).
Попробуйте запустить php /var/www/users/data/www/dom.com/vendor/zendframework/zend-eventmanager/src/EventManager.php с командной строки через ssh, может скажет что-то полезное. Ещё можно поискать файлы ошибок php error_log где запускается индексатор. Вообще, это судя по всему задание крона, ему к примеру могут не передаваться значения лимита памяти заданные для сайта, возможно стоит глобально ещё памяти прибавить для пхп на всём сервере.
4096 это ни о чём. Найти нужно memory_limit в php.ini и изменить до 256 Mb или 512 Mb. Проверить, что изменилось можно на том же сайте по выводу функции phpinfo();
Что касается архивов - возможно права ставятся при распаковке или закачке кривые. Обычно они должны быть 644, а бывает так, что Тотал их закачивает с правами 666 или ещё более левыми. Стоит проверить.
1) файл какой то зазенденный плохо закачали (побился)
2) лимит памяти на пхп нужно прибавить.
У ТС коло "На собственный выделенный сервер на коло".
Посоветую обратиться к дистрибуторам Майкрософт (К примеру softline.ru) или их реселлерам. Есть куча программ у Майкрософт по подписке, возможно, будет выгоднее, чем тупо купить розничную версию.
Лицензирование доступа в Windows может делаться по устройствам либо по пользователям. И общая стоимость терминальных лицензий будет определяться количеством устройств/пользователей. Конечно, разграничить доступ можно на уровне 1С и, тогда для доступа к Windows может оказаться достаточным и одной-двух-трёх терминальных лицензий (это уже зависит от того, сколько человек максимально у Вас будет работать одновременно с Windows). Одна терминальная лицензия стоит около 200-400 рублей.
Одновременно? Нужно ли разграничение доступа (чтобы каждый логинился со своим логином/паролем)? Но вообще, смысл вынесения за пределы РФ 1С при таком количестве пользователей не совсем ясен, неужели при таком количестве пользователей у органов не найдётся подхода к одному из них, чтобы он не сдал все секреты с потрохами? Олимпийской сборной РФ и одного информатора хватило...
Гм, релод? В доках заявлено по идее, другое дело, что только для новых запросов (для тех которые уже запрошены браузерами, изменения не будут применены): http://nginx.org/ru/docs/beginners_guide.html
Ну, на крайний случай, можно и рестарт сделать.
А то ж. Конечно. Конфиг можно релодом перечитать.
Expires может задаваться в коде html или php файле.
Вполне логичный вывод сделали, но не закончили - нужно искать директивы nginx для того, чтобы он отдавал правильные заголовки. К примеру, вот как тут показано: https://habrahabr.ru/company/mkechinov/blog/105716/
