Если на страницы url которых хотите изменить нет ссылающихся сайтов. то меняйте смело. Через 1-2 апдейта сайта переиндексируется.
Добавьте хотя бы минимальное кол-во текста на главную страницу. Потом ждите индексации.
Поисковые роботы индексируют контент. а не наличие или отсутствие домена.
В контактах и разделе о компании напишите. что Вы работаете со всеми регионами РФ и вам 100% процентов присвоят регион Россия. Проверено. Считаю что для вас это будет оптимальным вариантом.
