Основы

А у Вас лицензия?

программа показывает и видит ровно то, что показывает сам Яндекс. Не более и не менее. В смысле - не ждите, что после покупки на Вас сойдёт благодать и откроются любые тайны :)

Да, лицензия, на сайт www.semonitor.ru есть демо версия, скачайте посмотрите ;)

А существуют ли програмы, которые могут проанализировать сайт и выдать его слабые стороны в оптимизации, сгенерировать по тексту ключевые слова и оптимизировать html код?

lexalink, а почему в симонеторе многое на английском и к томуже words он выдает в непонятной кодировке?

... а также зарегистрировать в каталогах, ссылочками поменяться, мордочек прикупить, за конкурентами следить и с саппортом в случае бана переписываться. :)

Подскажите как поисковики отнисутися к структуре сайта:

top.html

bottom.html

index.php

Индекс генерит страницы/контент и включает в себя топ и боттом.

Или лучше использовать другую структуру?

рад представиться, робот последнего поколения, сверху биомасса, внутри микросхемы. Проанализирую Ваш сайт, выдам его слабые стороны в оптимизации, сгенерирую по тексту ключевые слова и оптимизирую html код, зарегистрирую в каталогах, поменяюсь ссылочками, куплю морд, послежу за конкурентами и вступлю в переписку с саппортом. Однако, все роботы последнего поколения работают на весьма специфическом топливе - зелёных шуршащих бумажках. Или не таких шуршащих, но их требуется больше.

А что такое "морд"?

Морда сайта