Вредна ли метрика?

А смысл? Просто помимо Метрики будет грузиться ещё Гугл-тег.

Еще одна проблема может быть с верификацией других сайтов через Метрику и Вебмастер и наложение одного общего скрытого фильтра. У меня нет доказательств, но есть предположение, что если у тебя в одном аккаунте несколько сайтов, например, 10. То в случае, если на часть из них прилетит МПК, то могут пострадать и другие сайты. У меня на одном из аккаунтов сейчас похожая ситуация. Большая часть сайтов там была под МПК, но было несколько чистых (без мпк) сайтов. С 30 января синхронно постарадали все. Но, однозначно сказать нельзя - что это было. Общее для многих падений, которое массово заметно в конце января. Либо все таки наложили тот скрытый фильтр, так как аккаунт засветился плохими сайтами.

А вот на втором акке, где держу новые, молодые сайты - 30 января спада не было. Но там и трафа мало. Есть небольшая положительная динамика.

Сейчас тестирую пару сайтов, на которых поставил только li.ru метрику. Хочу посмотреть как в целом поведет себя сайт без яндексовских и гугловских метрик.

Очень сомнительно. Таким образом, можно накладывать фильтр на десятки независимых клиентских сайтов, которые ведут seo-агентства...

Как вариант. Возможно. Но его % невелик, если верить той же метрике.

Зато % прямых заходов в Яндек браузере не слишком будет отличаться от всех остальных

За 1000 дорвейСтрой уже поблагодарит. Реально надо на меньших величинах принимать решение... т.е. у какого браузера больше доля, тот вносит меньше 'шума' в свою выдачу - если использовать только данные браузера, так что мелкий яндекс более заинтересован учитывать клики по странице выдачи.

Метрика, как инструмент не вреден, от слова совсем, надо просто данные  анализировать через него. ПФ Яндекс и так может взять с других источников, как пример: яндекс браузер, профиль залогиненного пользователя в яндексе, профили других людей, которые ищут в яндексе тот или иной товар или услугу, по тематике вашего сайта. 
Да, Метрика, как и любой другой инструмент, является в своем роде "засланным" на  Вашем сайте.... да, конечно будет отслеживать. 

Одним словом, если Вы удалите метрику, то ваш сайт в глазах яндекса лучше не станет и в космос "Топа" не улетит как ракета, даже в долгосрочной перспективе. 

Есть теория, спор и даже оксиома (в зависимости от человека), что наличие метрики помогает нагуливать профили, даже более того, слышал, что при сносе метрики, прямые заходы у кого-то даже пропали, но тут уж......    
Исходя из ИМХО, задайте себе вопрос, зачем она Вам нужна? Некторые там пользуются только вебвизором, запросами (по которым зашли), да и все. Если так, то она вам конечно не нужна, т.к. она реально может уменьшать скорость сайта.

Только до этого посмотрели скорость загрузки сайтов ваших конкурентов? Скорее всего, они в своем большинстве были на ровне или априори ниже вашего проекта, либо нынче вы их обогнали на несколько пунктов. Да, теперь у вас быстрее сайт грузится - бесспорно.