Если дата не изменена в зараженном фалйе, то вероятность вины хостера увеличивается.
Все ваши признаки похоже на наличие шелла или дырявый хост, вы пробывали хост менять?
Смотреть все запускающие файлы в швблоне просто и все индексные файлы, в любом случае смотрите весь движок.
Яндекс может не видеть вирус, т.к. возмжно вирус показывается 1 раз в сутки или какой-нибудь другой способо показа, если яндекс обнаружил вирус значит он есть.
Вы хотя бы код здесь показали, который удалили, а там уже и видно будет.
заказал ТС обзор игры, работа сделанна очень оперативно, офрмление текста сделанно полноценным, т.е. поставленны картинки соовтествующие для данной игры. Само содержание и граматика соответствует хорошо выполненной работе.
Так же запишусь за отзыв, тему отправлю в личку
Как минимум посомтрите шаблон, далее смотрите запускающие сайт файлы, например index.php, если ни чего смотрите далее все файлы.
Был клиент, который не сохранял пароли от фтп в программе также постоянно заражались файлы, причина была в шелле, запускался скрипт именно через него. Смотрите внимательнее!
Внимательнее посомтрите еще раз файлы вашего сайта, раз яндекс пишет что есть, то скорей всего он есть.