Не все сервисы он-лайн показывают зараженность сайта, нужно сомтреть конкретно!
Как ни странно, но у яндекса более расширенная база вирусов (точнее у парнера антивирусника, который проверяет сайты), чем у гугла.
Вы бы написали, что за парнерки сняли, чтобы можно было оценить из-за них или нет ваш сайт выводится с пометкой.
Если говорить про вирусные сайты в топе, то они долго там не сидят, видимо вы попали в самое начало их заражения.
Ну раз они были, значит они и есть, стучите поможем избавиться от внешних ссылок и вирусов!
Если подумать логически, то на ваши сайты есть доступ иначе просто ни как не подвердить права, возможно что у вас украли пароли, у вас залит шелл или кривой хост.
Смотрите внимательнее на свои сайты.
Стучите поможем удалить вирус!
От версии джумолы не зависит, стукните в асю, удалим вирус!
Стукните попробуем разобраться откуда у вируса ноги растут и удалим!
В полне нормальные сайты данную проблему решают быстро, а влияния ни какго не должно быть, если сайт с данной пометкой стоит долго ПС их просто выкидывают из индекса.
Редикт есть с гугла, редикт может срабатывать 1 раз в сутки 1 IP, если не получиться убрать вирус стучите!