Я не готов рекламировать какой-либо метод, т.к.не уверен какой из них нравится Яндексу, но знаком с несколькими решениями:1 - скрипт от ПиксельПлюс2 - антибот, из-за которого тут разгораются целые баталии3 - дополнение в htaccess от Дмитрия Алаева (найти можно тут на форуме)4 - не показывать счетчики тем, кто пришел с прямым заходом (ограничение на уровне PHP)
Ограничивать.
Маловостребованными они становятся в небольшой период между обнаружением и подтверждением.