Что пишет веб-сервер в логах?
Смотрите на интенсивность работы с диском.
Скорее похоже на то, что либо путь написан без слешей, либо веб-сервер их не воспринимае.
Попробуйте разнести на разные физические диски БД и файлы, если много картинок - их бы еще на отдельный. Еще апач выкинуть подальше, взвести пхпшный код на нжинксе. Вообще для того, чтобы тюнить сервер и сайт под нагрузку, изначально надо найти само бутылочное горлышко: процессор, память, дисковые операции или сеть.
Соврал, гугль подсказывает, что там пароль хешируется и проверяется хитрее. Вот тема в помощь: http://wordpress.org/support/topic/use-wordpress-database-for-other-script
Соленый md5, он таким и должен быть. Можете подкрутить саму функцию, чтобы не солила - тогда хеши будут одинаковыми.
Если скрипт отменный - почему не рассказать его назначение? Человека надо чем-то заинтересовать, чтобы он постучался в аську. Плюс непонятно, какие скрипты нужны ТС. Набор скриптов для отрисовки статистики с произвольного кол-ва интерфейсов маршрутизатора подойдет? ;-))
Попробуйте в дампе написать SET NAMES cp1251
Поправьте в php.ini параметр max_execution_time.
Дело в том, что обычно ломают именно через дыры в движке. Потому если сейчас все почистить и не обновиться, то высока вероятность того, что подобная дрянь появится и потом.
