Нарушения и угрозы безопасности на сайте , Малополезный контент, спам, избыток рекламы

Интересно, а про ссылки это разве стандартная отписка? Не припомню такого. Много ссылок закупали?

А какого рода контент на сайте, кто его пишет? Или там сервис какой-то? К медицинской тематике вроде у поисковиков особые требования. Или может быть чрезмерная переоптимизация?

Нет, не закупали.

Это сайт клиники с лицензией и настоящими врачами. Все требования мы, кончено же, знаем. Пишут копирайтеры с образованием и которые с нами уже 3 года работают, при необходимости проверяет и вычитывает владелец клиники.

Да, но есть много сайтов, которые растут и нормально развиваются, так просто как раньше не будет, так что не отчаивайтесь, попробуйте изучить вопрос поглубже, может не в том направлении работали.

Ок. Посмотрите сторонним взглядом с внешней стороны - на что похож ваш контент при беглом взгляде. Алгоритмы анализируют лишь внешнюю сторону и классифицируют с тем, на что это внешне похоже.  Стиль изложения, оформление и пр. Если и здесь всё ок, то это вероятно проблема яндекса, а не ваша.

О чем эти статьи и какова основная цель их размещения на данном сайте? Привлечь трафик на статьи или всё-таки в статьях описывается сама клиника и методы лечения в ней?

Уже и свою фокус группу собирала. В нише точно нет конкурентов в этом плане: вставлены блоки мнения экспертов, инфографика, свои фото, структура хорошая, подробное содержание, никакого переспама естественно, вообще в сторону количества запросов давно не смотрим при написании статей, только польза и темы, которые на слуху. Я даже им написала письмо со скринами наших статей, чтоб они посмотрели и указали, что по их мнению можно подправить)) Только с бубном забыла станцевать. 

В статье есть квиз-опросы, формы обратной связи и описание, конечно же, преимущества обращения именно в нашу клинику для решения проблемы, наши фото и врачи.