Упали все позиции

Да. Причем на обоих сайтах одинаковая частота обновления контента (запланированные публикации). При изменении контента (добавился комментарий или сама новость изменилась) происходит обновление  Last Modified. Если обновления нет - отдается 304 код. 

При этом один сайт потерял 60% трафика с Google, а второй не потерял ни чего. 

Это я пишу к вашему наблюдению, что проблема может быть в  Last Modified. В моем случае - дело в чем-то другом.

Проблема с резким изменением ранжирования не связана с Last Modified. Огромное кол-во сайтов заходят в топы без Last Modified и более того, если поисковик видит в Last Modified некорректное значение - робот его игнорирует (Мюллер комментировал).

Например, часто в клиентских анализах я сталкиваюсь с тем, что в Last Modified просто передаётся дата обращения (т.е. текущая дата и время), при этом поисковик заходит и видит в данном поле всегда измененную дату. В это случае поисковик просто перестаёт учитывать эти данные, потому что для него при запроса будет "всегда новая страница".

Для небольших сайтов и уж тем более лендингов с Last-Modified заморачиваться вообще не нужно, если при генерации XML карты в поле <lastmod> передаётся корректная дата - этого вполне достаточно. И уж конечно на ранжирование сигнал для очерёдности поисковой обработки никак не влияет: это нормирует поисковую очередь, но сигналом для дополнительной релевантности не является. 

На самом деле это всё из-за Марса в Козероге.

У меня международный проект-многосраничник с идентичным контентом, на региональных доменах, с переключением языка примерно одинакового возраста. Обвал на одном из доменов. 

Один из проектов колбасит 😀

Не до того сейчас)

Я в своей нише еле-еле со скрипом вчера нашёл 1 чужой проект с верным last-modified, вряд ли дело в этом

Просто смешно читать про Last Modified. 

Апдейт уже закончился? У Гугла бывают "откаты" обновлений или он такое редко практикует? 

Закончилось уже всё