Напишите урлы сайтов, интересно уже посмотреть
Шаблон может сперли или весь сайт. А ссылки были абсолютными.
http://www.google.com/support/webmasters/bin/answer.py?answer=66355
http://devaka.ru/articles/experiment-with-links
http://company.yandex.ru/public/conferences/www2009.xml
Думаю всё вам понимать и не стоит. читайте заключение
Вряд ли платные ссылки не будут учитываться. Вопрос в качестве и тематике текстов в которых и на которые стоят эти ссылки.
подробно можете почитать тут.
Если со страницы одна ссылка - она считается естественной, если две и более, но тематика у них одна, то тоже считаются естественными. Если тематика разная - считаются SEO-ссылками и работать они будут но после "песочницы".
Большой htaccess конечно грузит сервер, но время обработки 50-100 директив пренебрежимо мало.
Удвоили проблему.
Скорее всего вернетесь после индексации страниц.
Настройте 301 редирект на новые урлы.
Я наоборот недавно на все сайты поставил ее. Яндекс по словам гуру учитывает ПФ с помощью бара, но не исключено, что и метрика ему в помощь. Если нет задачи его обманывать(причем нужно понимать, что это вряд ли удастся), то лучше сделать свой сайт максимально прозрачным. Я думаю, что это даст вам больше преимуществ. Все, конечно, имеет смысл в случае СДЛ.