Нет никакой песочинцы в таком понимании как у Google (исключаю ВЧ) просто траф по НЧ и СЧ СК зависит не только от оптимизации и ценности отдельной страницы, но и от траста самого сайта, а он при правильной раскрутке со временем растёт. Отсюда и вывод - от того как продвигаете и каков из себя сам сайт и зависит траф.
Была та же проблема, вроде как решилась переносом сайтов на новый сервер. После переноса прошло 3 месяца - один сбой был минут на 20, а до этого раз в неделю часа на полтора. Повезло? Или до этого не везло?
Структура сайта в глазах ПС такая же как и в глазах пользователя (не индексирует не значит не видит), чел. просто выбрал стратегию продвижения материалов и сделал всё правильно для этого. Не нужны теперь ему ссылки, он за счёт контента и перелинковки берёт трафик.
А что вам nofollow? Так вес уйти - уйдёт, но не передастся на главную. Нужно отключать показ главной в меню и лого на внутряке.
В Google, возможно, через пару недель (а-ля Пингвин 2.1) поменяетесь местами.
Вот толковый и недорогой вариант, есть личный давний опыт общения с ТС.
Причин может быть миллион - отжалейте 20$ и закажите простенький аудит, если не хотите светить урл.
P.S. За глаза говорить, что сайт полный ГС не стоит (пусть и вероятность велика) сами-то с чего начинали, вполне может быть хорошая идея, но пару грубых косяков её убивают.
Добавлю, если ценность для пользователя есть и они по этим страницам лазят с хорошим ПФ. Если не - в печь.
Напрямую никак не влияет, но если он не стыкуется с целями и тематикой сайта, то может дать негатив ПФ, т. е. косвенно влияет.
Если хорошие ссылки, то смысл есть, если мусор нет, хотя по логике действие верное.