Как вы можете быть уверены, что "там все в порядке", если вы не знаете, что и как должно быть!?
Забудьте пока о 301 редиректе - директивы Host в robots.txt достаточно...
По поводу санкций - ищите и исправляйте ошибки: перечитайте лицензию Яндекса (судя по уровню ваших знаний - вы ее не читали, так же как и советы веб-мастерам от того же Яндекс). По вашему описанию проблемы, причину вылета сайта из индекса определить невозможно - влияет многое...
Заблокирует, если мета-тег robots в html коде страниц (если он есть) не разрешает обратного.
(Мета тег имеет приоритет над директивами, заданными в файле robots.txt.)
Хмм... вопрос не корректно ставите - сайты ведь разные бывают (блоги, визитки, порталы, форумы и т.д.), поэтому и цмс подбираются индивидуально (в зависимости от объема, структуры, требуемого функционала от цмс и т.д.) для каждого конкретного проекта. Бесплатные популярные движки не люблю - это всегда компромисс и использую для создания саттелитов, MFS-сатов... всего того, чего в случае чего не жалко (кстати популярные движки служат меткой-признаком для выявления ПС-ами таких ГС). Для серьезных проектов - движки на заказ. Порой даже лучше голый html, чем навороченный тяжелый движок... как-то так.
ПС-ы оценивают сайт "комплексно" и если чистота кода, соответствие стандартам, скорость загрузки страницы и пр. моменты в совокупности способны оказать определенное влияние на отношение ПС-ов к сайту, то вывод очевиден - значение имеет.
