Для поисковиков это опять таки роли не играет. Это скорее с точки зрения удобства пользователя лучше на отдельных доменах делать.
Домен был припаркован - того его Яндекс и забанил.
Про сложности говорить рано, т.к. доменная рано еще не запущена в паблик.
Расширение роли не играет.
Бытует мнение, что в таком случае вес распределится по всем ссылкам.
Все что ниже открытого тега - в выдачу попадать не будет.
Просто поставить тирезную рекламы, где откручиваются трастовые рекламодатели.
Но как правило, сайты с уником против того, дабы копипастеры у них материал тащили. И применяют к ним различные меры.
А может вы карту только что закачали, и роботы просто не успели прогрузить весь сайт?
Ошибочное наблюдение:)