Сделайте простую AJAX-автоподгрузку комментариев после, скажем, первых 30 штук. Так будет удобнее и пользователям, и вам не придется заморачиваться. Скорость открытия крупных страниц значительно возрастет. Пользователи практически ничего не заметят.
Либо другой вариант - сделайте микроразметку комментариев при помощи стандарта Schema.org, убьете сразу двух зайцев: и получите структурированные данные на странице, и не будете бояться за возможные (на самом деле миф в данном случае) фильтры от ПС, т.к. они точно поймут, что комменты - это комменты.
Покажите адрес основного домена и дайте ссылку на карту сайта: есть ощущение, что в карту сайта залезли линки с поддоменов, которых там быть не должно.
Пустые разделы вообще убирайте из вывода, ничем хорошим их индексация для вас не обернется.
С т.з. стратегии продвижения я бы посоветовал вам наоборот начинать с небольших городов: трафика там сильно меньше, но и конкуренция значительно ниже.
Ну и вы бы скинули хотя бы базовую семантику, на которую ориентируетесь, чтобы было понятно, какие запросы и соответствия смотреть. Если же ориентируетесь на ВЧ-запросы (несколько штук) - динамику по ним можете еще долго не увидеть. Собирайте полноценное СЯ под каждый регион и делайте ручную оптимизацию.
В принципе, пойдет и тот, и другой вариант. В случае размещения картинки рекомендую обратить внимание на выделение её кликабельности, т.е. чтобы пользователь понимал, что это ссылка-картинка. В этом случае будет больше переходов по ней и ссылка даст больший вес (при размещении на посещаемой странице). С точки зрения же обычного веса (т.е. без усиления его переходами) ссылки-картинки дают примерно тот же эффект, что и безанкорка.
Измеряю очень просто: смотрю на показатель отказов со страниц, среднее время на странице --> смотрю за позициями, но они вторичны. В первую очередь меня интересует трафик на страницу по целевым запросам. В дополнение к позициям можно использовать метрику --> страницы выхода. Когда трафик начинает проседать, чаще всего проблема в устаревании / слабой актуальности контента.
Ставьте ссылки на данные страницы с более высокоуровневых документов и загоните. Также прекрасно подходят внешние ссылки.
Плюс настоятельно рекомендую прописать в robots.txt конструкцию вида "Allow: site.ru/str/?tip=sobaka&ves=10".
Тем не менее, если таких страниц станет много, общий траст сайта несколько понизится. Проверено на сайтах с устаревающим контентом.
В дропы вам действительно лучше не лезть.
Насчет роста и его остановки - ну так, насколько я понял, вы лили трафик с других источников --> у ПС было больше объективных данных о ПФ вашего сайта. Прекратили лить трафик --> уменьшился рост, все логично.
По поводу SEO: я бы обратил особое внимание на объем контента, которого местами и вовсе нет. Ну и вообще, хотите трафик с органики - делайте нормальное SEO. Даже быстрым взглядом видно кучу косяков, начиная с тайтлов и заканчивая лендинговой структурой (т.е. без вменяемых текстов под поиск) главной страницы.
Гарантированно войти не получится, но если мобильная версия (по опыту с адаптивками) сделана нормально и нормально определяется поисковыми системами, запросы должны быть в равных или более высоких позициях, чем в ПК-поиске. Из того, что увидел мельком - очень мелкий шрифт и стремящееся к нулю юзабилити, плюс красный рейтинг в PSI ---> вот и ваши проблемы.
P.S. Я бы еще метрику глянул, чтоб наверняка убедиться в высоком количестве отказов с мобильных устройств.
Наводка: переставайте писать "из головы": соберите и проработайте семантическое ядро хотя бы на ближайшие 100-150 статей. Проработайте контент на предмет его
а) соответствия запросам пользователей;
б) качества и уровня раскрытия этих запросов;
в) оформления;
г) перелинковки с соседними материалами.
Вот вам список работ на ближайшие полгода)