Меню категорий с количеством элементов

Вы мыслите правильно: оптимальным является создания дополнительного параметра для категории, который бы учитывал количество объявлений. При этом не забудьте корректно уменьшать и увеличивать число, при удалении и добавлении, соответственно. Что же касается фильтра, то в указанном Вами примере он никак не влияет на количество записей. Цифра указывает на общее число объявлений.

Но логика, которую Вы преследуете используются во многих интернет-магазинах.

Я советую Вам использовать постоянные параметры для случаев, когда пользователь на использует фильтры и count, когда необходимо учитывать запрос.

с дополнительным параметром есть проблемы с фильтрами пока не особо понимаю как сделать, но появилась следующая идея, если сделать соединение двух таблиц, категорий и объявлений, с таблицы объявлений выбрать только count, (тут соглашусь что уйдет немного ресурсов), получится выборка будет иметь количество объявлений для категорий и сами свойства категории, а далее выводить в меню эти свойства в блок с определенным классом, и уже с помощью jQuery('ul li .myclass').html() подсчитать количество для родительских категорий. Что скажете по такому методу?

Все же решил задачу немного другим способом,сделал запрос с левым соединением объявлений (в объявлениях только выбираю количество строк), и в пхп циклом подсчитываю количество для родительских категорий.

PS. Таблицы категорий сделана по Nested set