Сервис создания смеантического ядра?

Будет мусора много, зачем вам такое? Нагенерят всякого лишнего

Мне тут один нагенерировал мусор, мало того что вышел за рамки ТЗ, так ещё и выдал, что работает не один, в личке мне написали после пару дней: что вы хотели вам сделали что хотели. Хотя до этого исполнитель понял что косякнул, вместо информационных запросов собрал кластер коммерческих запросов. И таких исполнителей судя по отзывам тут полно. Так что лучше сервис. я ручками через Ворд стат собирал

А чем кк не устраивает и букварикс? 

Ну а как тогда собирать?
Допустим я слил из букварикса 500К запросов по 10 конкурентам.
Что дальше?

Удалить. Проще и полезнее.
Работа с семантикой строится по совсем другим алгоритмам.
Собираем для начала маркерные запросы и их синонимы на базе хоть тех же конкурентов, за основу беря не левые эти ваши сервисы типа keya.so или там какого-нито spywords.ru. Там половина - лютый бред, и к продвижению отношения не имеет никакого.
После этого собираем "хвосты" к маркерным запросам. Потом - стату по ним хоть из Директа с Вордстатом.
Потом кластеризуем и оцениваем, чего в структуре явно не хватает, а что стоит выкинуть.
Потом - приоритизируем, отфильтровываем мусор, застойные и теряющие актуальность ключики, нулёвки, накрученное и т.п. Но главное - отбираем самые актуальные и перспективные, по которым можно получить позиции в самой короткой перспективе.
А дальше - мониторим, добавляем-убираем, пасём рынок и конкурентов, и это уже процесс бесконечный.
Что вы будете делать с этим полумиллионом ключей, с учётом того, что там под 90% - мусор, дубли, нулёвки, ключи без шансов? Это только сильно усложнит работу оптимизатору. Да и вообще по идее СЯ нормальный оптимизатор собирает сам, пользоваться чужим - зашквар. Всё равно его надо перепроверять и пересобирать.

Там софтовые сайты. Тысячи программ. Подборок и коллекций. Категорий сотни.
Очень много хвостов и версий. Это 500К реальных запросов, просто многие НЧ.
Я не представляю, как это все вручную вычитывать, кластеризовать, отфильтровывать и т.д.

Так о чём и речь.
Начинайте с маркеров, чтобы отталкиваться от оценки общей структуры конкурентов по топам и понимать хотя бы в общих чертах, где у вас пробелы, которые негативно влияют на полноту соответствия.
Потом смотрите, что у вас может быстрее всего зайти в топы - и там уже прорабатывайте подробно.
И я бы таки упор на категории делал в любом случае. По точным запросам конкретного софта при минимальной проработке вас и так найдут, даже если всё построено на шаблонизации.

я же написал как - кк включайте и по категориям вперед , ся это основа, просто так скомуниздить не выйдет , придется попотеть

Имеете в виду прорабатывать категории сайта? Titles, Description, текст на странице?
Если да, то как из такого количества ключей в KK отфильтровать именно категории, подборки (теги) и т.д.
Спасибо.

Поскольку вопрос размещен в разделе "Любые вопросы от новичков" - растолкуйте, хотя бы базово,
что такое маркеры и что с ними делать.
Спасибо.

Маркер - это самый частотный кластерообразующий запрос, соответствующий вашей посадочной странице. Вы по таким семантику собираете, фактически вытягивая "хвосты", которыми пользуется ваша аудитория и которые важны для того, чтобы ПС признали вашу посадку максимально релевантной этому кластеру.
Пример. "Цветы в горшках" - маркер. "купить", "цена", "интернет магазин", "недорого", "каталог" - "хвосты".
Проблема в том, что кластер не всегда ограничивается одним таким кластерообразующим запросом, есть ещё и синонимы. В данном случае - "комнатные растения". Без синонимов вы полный список запросов не составите. Вот тут уже могут помочь и сторонние сервисы, тот же keys.so - есть там такая колонка, как "сходство" в процентах.
Важно не налажать с кластеризацией. Автоматические инструменты могут ошибаться, поскольку ориентируются в основном на топы, а там сайты небезупречные могут быть, и кластер держится не на текстовых-семантических характеристиках, а, скажем, на ссылочном или ПФ.
Это всё, понятно, очень грубо и коротко.