Перенос сайта на новый движок

Да все варианты не годятся.  Потому что нельзя, что бы они "поработали паралельно". Это клон, от которого ничего хорошего текущему, и тем более самому клону.
На каком домене собирать новую версию без разницы. Это должен быть тестовый домен, и недоступный для индексации. А когда закончите, ставить на основной. С сохранением всех урл, и/или настройками 301.

3 вариант, тем более если site2 домен имеет возраст.

Зачем сбивать с толку и давать такие советы?
Если он запустит этот же сайт на другом домене, или на поддомене этого же, он тут же будет зафильтрован. Для старого, скорее всего ничего страшного не случится. Но он просто потратит время и деньги. Если запустит новый в папке старого, это еще и убьет старый, по релевантным, индексу, по всему...

Я думаю тут вопрос в самом подходе, а то что нужно закрыть индексацию и сделать правильный перенос с сохранением УРЛ и т.д и так очевидные вещи...

Третий вариант, у него, это перенести сайт  (без переклейки)  на другой домен. А старый потом закрыть, оставшись с зафильтрованным клоном. 

правильно и я понимаю, что в принципе подходит любой вариант, но главное без индексации нового сайта

3 вариант - в итоге перепривязываем доменные имена к папкам на хостинге, и в течении 5 минут на site1 новый движок, старого движка просто не будет

с редиректом в этом варианте у меня пока туговато (пока так далеко не думал )

Да

Да, но тут могут быть тех нюансы. Которые за 5 мин. редко решаются.

Зачем?

Поциэнт хочет на себе узнать, есть ли у Яндекса аффилиат-фильтр. Ну и кто мы ему, чтобы отговаривать?