В /proc/sys/vm/overcommit_memory есть настройка vm.overcommit_memory
поставьте там 2 вместо 0, после чего пройдитесь по всем конфигам - пхп, мускула, других, если используются и укажите там те значения, которые реально готовы выделить для них из своей памяти, если думаете, что будет "маловато", то берите виртуалку подороже, а не используйте overcommit_memory, лучше всего вот так:
vm.overcommit_memory = 2vm.overcommit_ratio = 100
в противном случае у вас так или иначе всё это будет повторяться снова и снова