Типичная ошибка - сервер взял, сисадмина не нанял
Так определитесь был ли в robots.txt crawl-delay или нет?
Я же не просто так говорю, что все проблемы с яндексом решаются грамотным robots.txt
Почитать можно в консоле или гугле
Ссылки - opennet.ru, dedic.ru
Покажите robots.txt, и строку из access_log, которая показывает что запрашивает яндекс
DirectAdmn прекрасно работает с системным php и apache, просто ему самому нужен свой собранный php для парсинга
Чтоб понять права, надо читать
man chmod
man chown
2 часа времени - и подобных вопросов никогда не возникнет
robots.txt для чего придуман?
А кому она нужна? И главное - зачем?
Когда в одном вселом ДЦ выписал счет на 24k$ за обмен трафиком между несколькими серверами в этом же ДЦ, то 200$ - это копейки
Впрочем, все относительно
На нормальных - да, ну или его ставят по запросу