http://compress.ru/article.aspx?id=21977
Вот: http://stackoverflow.com/questions/11678713/how-to-change-jpg-quality-export
Если кратко - баг gd, пользуйтесь imagemagic
Плохо же вы искали в сети: http://serverfault.com/questions/410213/strange-httpds-error-log-recurring-error-message
Ну вот теперь задача сузилась - надо решить вопрос с mysql
Вполне рабочее, но я глубоко не колупал
Да, реально быстрее, с другой стороны под java есть hadoop
База не sql, с возможностью масштабирования, например mongodb
Посмотрите какие процессы больше всего грузят для начала
А вот в англоязычных форумах в таких случаях обычно пишут о том, что за параметр добавили и на что он влияет.
Может и режет, nmap в помощь.
А файл отдает nginx или бакенд?