Странный рост нагрузки при падении посещаемости

Я бы посмотрел утилизацию памяти. Может быть слишком много данных в файле подкачки и это вызывает нагрузку (из-за роста операций ввода-вывода)? Хотелось бы так же узнать, вы просто наблюдаете рост нагрузки, без падения производительности? У вас выделенный сервер или VPS ? Проводились ли какие либо изменения по программной части 29-го числа? Возможно, проводилась выливка кода либо обновлялось программное обеспечение? Так же посмотрите на возможный рост SSL трафика. Недавно была анонсирована POODLE уязвимость в SSL и могли участиться попытки взлома по протоколу SSL v3.

Dram, по-моему очевидно, сравните график мускула и цпу

Dram, через htop разве не видно кто ест?

Тогда мы бы увидели рост iowait на графике cpu.

смотрите чем занят mysql

Посмотрите какие процессы больше всего грузят для начала

попробуйте самое простое, через top какие процессы постоянно висят, возможно работает антивирус, хотя такое продолжительное веремя, мало вероятно. Если у Вас много сайтов, и построены они на Joomla или WP, то не исключена атака ботов, которые методом подбора пароля, взламывают админки CMS, это реально серьезная проблема, просто фаерволом это не отследиш, каждый запрос с новым паролем приходит с нового IP адреса.

Вот вывод топа. Получается что-то грузит мускуль?

Метрика показывает только на одном сайте рост посещений ботов и то не кретически высоко

Ну вот теперь задача сузилась - надо решить вопрос с mysql

mytop, userstat.

запустите mysqltuner.pl , попробуйте изменить конфиг используя его подсказки.