Была такая проблема, снял все ссылки кроме ссылок на главной, отписался Платону, он отвтил что если все нормально, то со следующим апом автоматически в индекс, но за три недели ожидания в индекс не попал. Помогло снятие оставшихся ссылок - через три дня все проиндексировалось.
Если любой поисковик зашел посмотреть сайт во время отключки, то естественно он должен убрать из индекса не найденные страницы. Если отключки случаются часто, то это очень плохо.
Чем ближе ключевик к началу ссылки, тем больший вес он имеет, но лучше делать ссылки с обрамлением типа "Самое лучшее <a> пиво</a> от пивной компании "Красный восток"". т.е. в обрамлении должно присутствовать ключевое слово НО! не коверкать великий и могучий ни в коем случае!
Пропишите в robots.txt директиву Host с указанием основного сайта как на зеркалах, так и на основном сайте, через некоторое время не увидите зеркал, а основной сайт появится.
У меня такая же ситуация, но выводы другие - надо не закрывать от индексации, а убирать ссылки с сайта ПОЛНОСТЬЮ и писать Платону. Ссылки убрал везде кроме главной, отписался Платону, получил ответ, что если все нормально, то страницы вернутся в индекс. Вот жду уже недели две, один раз было, что проиндексированных стало 20, потом опять на 12 свалилось. Сайт у меня по безопасности. Видимо придется убрать и все ссылки с главной.
Не надо путать божий дар с яичницей. Блоги это очень динамические сайты, для них это норма, хотя подписи с сайтами это тоже своего рода спам. Другое дело ссылка, которая установлена вебмастером на понравившийся ему сайт.
По-моему наоборот часто меняющиеся ссылки являются признаком бойкой торговли