Samail

Не видя формы остаётся только гадать, что указание min-width или min-height для фрейма, поможет.

https://jsfiddle.net/6bh7fc4d/

https://jsfiddle.net/20xLatrv/ тогда нужно искать первый инпут внутри st-box

'.st-box input:first-child'

или просто давить нужному инпуту класс которого не будет у других элементов и на него ориентироваться.

Ты хоть смотрел свой первый код что там получается?

  <div class="st-box">

    <input type="text" id="search1" name="ref_name[]" class="st-reg-step2 no-line" placeholder="Please."/>

   </div>

  <div class="st-box">

    <input type="text" id="search2" name="ref_name[]" class="st-reg-step2 no-line" placeholder="Please."/>

   </div>

  <div class="st-box">

    <input type="text" id="search3" name="ref_name[]" class="st-reg-step2 no-line" placeholder="Please."/>

   </div>

Так ты все сделай внутри <div class="st-box">

Потому что один input внутри <div class="st-box"> а второй нет. Клонируется то именно <div class="st-box">

Если сразу будет 10, то после добавления поля их станет 11 и соответственно последнему добавиться 11.

И более чем всего этих полей на странице?

Я не вижу в скрипте цикла. И последнее поле это то которое кнопкой добавлено. Ему добавляется тот номер сколько всего таких элементов на странице.

https://jsfiddle.net/rhmd4zLn/