Посмотрите сообщение №17 в этой теме, может оно даст Вам ответ...
Можете сказать, зачем он на этом сайте?
Размещайте статьи со ссылками, например.
Скорее исключение, чем правило...
По Вашему первому вопросу (особенно в сочетании с тем что вместо главной по запросам стали выдаваться внутренние), возможно на Ваш сайт наложили фильтр (отключили ссылочное и ранжирование Вашего сайта идет только по контенту).
Вот почитайте про этот фильтр.
/ru/forum/142341
Поищите на форуме способы и результаты выхода из него.
Потому, что эта страница более релевантна этому запросу чем главная страница.
Вообще в сквозняке, как таковом, ничего предосудительного нет для донора. Например, ссылка на каждой странице сайта "дизайн сайта www.site.ru".
Но в комплексе с другими грехами, возможно это и может как-то сказаться, точно не скажу.
Сквозняки хороши для придания стат. веса.
Стат вес особенно хорошо влияет на позиции страниц сайта по низкоконкурентным запросам (НЧ трафике).
По поводу наложения фильтров - за внешние факторы фильтры не накладывают и не банят. По крайней мере, я о таких случаях не слышал.
Нет принципиальной разницы. В итоге это тоже должны быть зеркала. (надеюсь, у Вас сайт с www и без одно и то же выдает)
Ставьте в host: www.site.ru если Вы хотите, чтобы у Вас в выдаче был www.site.ru и ставьте в host: site.ru если Вы хотите, чтобы у Вас в выдаче был site.ru
По поводу Вашего первого вопроса. Зеркала они на то и зеркала, что не должно быть разницы кто в выдаче, позиции от этого зависеть не должны, т.е. позиции не должны зависеть от смены основного зеркала.
Так что, что-то у Вас не так, смотрите дальше, в чем дело.
Вот какие страницы Вашего сайта проиндексированны, т.е. есть в Яндексе.