mc, или для этого существует или команда ~# nano /var/log/syslog ну или какие вы логи хотите там смотреть
PMA удалять нафиг и не использовать, если на мак могу софтину подсказать Sequel Pro на винду не знаю есть она или нет, доступ через тунель SSH остальное от лукавого, все дырявое, рано или поздно ломанут. Особенно если переименовать в /PMA, постоянно сканят судя по логам.
Ну если лень за софт платить есть adminer.php (https://www.adminer.org/), кидаете в корень и пользуете, когда необходимо, потом удаляете или переименовываете.
location ~* /404.php {
}
не забудьте перед # service nginx restart
проверить # nginx -t
если нет IPv6 не заморачивайтесь, если есть, то нужно использовать listen [::]:80 вместе с listen ip:80, тоже самое на ssl listen [::]:443 вместе с listen ip:443
