Здравствуйте! Я из Яндекса. Поймал ваш вопрос и узнал у специалистов Вебмастера причину исчезновения ссылок.
Команда дорабатывает текущие процессы получения и обработки данных, поэтому сейчас в разделе «Ссылки» отображаются только неработающие ссылки. Если новых ссылок в разделе Вебмастера нет — значит, у вас отсутствуют неработающие ссылки. По срокам окончания работ, увы, сориентировать вас не смогу.