Чтобы вес не передавался на ненужные страницы надо или убрать ссылки или спрятать их с помощью аякса.
Яндекс слишком усердно пихает в выдачу свои проекты: новости, маркет и прочие. Плюс по коммерческим тематикам топ давно забит теми, кто покупает ссылки в большом количестве, и это при том, что он с ними борется.
Конечно, и эту рекламу необходимо правильно "готовить". К сожалению сейчас этого не умеют или не хотят, чтобы объявления соответствовали тематике статьи видел всего пару раз.
Если реклама занимает много место в верху сайта, то да, в Яндексе за это карают.
