Нет, он получит регистрацию, но в документах будет указан регион, где он прописан. Это совершенно точно, у меня родственник открывал ИП под конец в прошлого года на сервере, а прописан на юге. Никуда не ездил, но документы, конечно, на южный регион.
Зарегистрировав ИП подал заявление на ЭЦП и получил ее в той же северной налоговой.
Сейчас тоже самое и с авто. Можешь приехать в любой Мухосранск и поставить авто на учет, но номера выдадут региона прописки.