У вас часть процессов находится в состоянии "S" - т.е. в состоянии ожидания другого процесса. Что у вас с базой данных? Включите slow query log - лог медленных запросов (http://stackoverflow.com/questions/2403793/how-can-i-enable-mysqls-slow-query-log-without-restarting-mysql).
Кроме этого, давайте просто посмотрим с помощью firefox + firebug что именно тормозит про открытии страниц сайта. Так более-менее станет понятно где узкое место.
Для начала посмотрите в браузере что происходит. Например, firefox + firebug и станет понятно (хотя бы поверхностно) какие элементы тормозят больше всего.
Если же такого поверхностного анализа будет недостаточно, я бы рекомендовал поставить какой нибудь профайлер, например new relic или pinba и таким образом разобраться что же именно тормозит. Но профайлер требует конфигурации, так что здесь тоже некоторые усилия потребуются.
Вот вам линка как пинбу настраивать: http://habrahabr.ru/post/129042/
Как бы банально не звучало, игнорировать проблемы с безопасностью чревато утечкой данных. Лучше посмотрите какие пакеты у вас имеют уязвимости, благо утилит для этого предостаточно. Например, rkhunter. Если нужна помощь, обращайтесь, ссылка на сайт в подписи (тикетную систему для постановки задачи легко найдете на сайте).
Вносились ли какие то изменения в конфигурацию системы? Если нет - проблема в сети хостинг провайдера.
Я думаю нужно попытаться составить шаги для воспроизведения проблемы что бы отловить именно тот момент, когда все валится. Т.е. в прямом смысле пошагово воспроизвести проблему,а там уже смотреть логи и разбираться. Ну и логи тоже было бы хорошо куда то выложить что бы можно было их увидеть, т.к. причин для падения может быть очень много.
Если в целях эксперимента, то почему бы и нет
Самый простой способ (и практически безболезненный) - воспользоваться https://raw.githubusercontent.com/major/MySQLTuner-perl/master/mysqltuner.pl
Немного не по теме, но 17G в файле подкачки это явный перебор. Представляете, если система съест хотя бы 4-5 гигабайт свопа? И сколько займет времени пару-тройку гигабайт из подкачки выгрузить в оперативку.
От рута или через sudo запустите на вашем сервере:
nmap -sS -O -p80,3128 192.168.1.0/24
80,3128 - порты, которые сканируем. Ставьте ваши, которые вам нужны.
192.168.1.0/24 - диапазон сети. Если проверяем конкретный адрес, указываем его.
В ответ на эту команду должны получить нечто вроде:
Host is up (0.090s latency). PORT STATE SERVICE 80/tcp open http 3128/tcp open http-proxy
Я бы посмотрел утилизацию памяти. Может быть слишком много данных в файле подкачки и это вызывает нагрузку (из-за роста операций ввода-вывода)? Хотелось бы так же узнать, вы просто наблюдаете рост нагрузки, без падения производительности? У вас выделенный сервер или VPS ? Проводились ли какие либо изменения по программной части 29-го числа? Возможно, проводилась выливка кода либо обновлялось программное обеспечение? Так же посмотрите на возможный рост SSL трафика. Недавно была анонсирована POODLE уязвимость в SSL и могли участиться попытки взлома по протоколу SSL v3.
