проще всего(на мой взгляд)
заходить на сервер по-ссш и там искать, используя вышеуказаные комманды
проше использовать
grep -liR строка путь
про десктопный софт не слышал
еще есть ваиант, поднять отдельный апач с пхп
в 99% проблема именно в этом, могу помоч почистить, но за денюжку
неверю, примеры в студию)
неуспел отписать)
можно сделать как и Вы сказали, покажите как у Вас настроено проксирование на апач
пропишите редирект в нгиксе, если перевели все реварайты на нгинкс, то зачем вобще .htaccess использовать?
нгинкс отключать, єто самое последнее, лучше досконально разобратся в ситуации
только что в соседнем топике обсуждали
/ru/forum/553054
почистить - это долго и не факт что все веб-шеллы найдутся
(неблагодарное это дело)
если есть возможно, лучше поступить как ТС вышеуказаного топика сделал