Анти БОТ

Скрипт ответа хостера ответил что нужно обратиться к разработчикам яндекса, чтобы они оптимизировали свои коды скриптов?

Разок не получится ) Это не прекращающийся процесс, на фуллтайм.

Определенно, есть какие-то отклонения. За 30 сек - это уже как-то многовато.
То что они вам страницу быстро отдают, не значит что они ее также отдают боту яндекса.

Есть специальный софт, по работе с репутацией, отслеживается упиминание бренда. И большинству тех, у кого есть претензии, хватает вот такого наезда псевдоюридического, в стиле 90-х (только вместо быка с волыной - ноунейм со словесным наскоком).
Сразу прыгают под веник, и больше не отсвечивают. А юрлицо всегда может сказать, что к ноунейму с угрозами на форуме не имеет отношения, он сам передумал. 

Значит ботные переходы с подделанным реферером.

Under Attack - это временный режим, он не предназначен для постоянной работы.
Для того, чтобы это понять, нужно немного напрячься (что редко кому дано), постоянно анализировать логи проверок. И собственно увидеть в логах то, чего там не было бы, если бы было корректно настроено в правилах фильтрации. В некоторых случаях ничего критического, а в некоторых - перестает корректно работать какой-то функционал сайта или внешние интеграции. Все индивидуально.

Также выше не очень понятно, речь про ДДОС, или какая-то особо активная ботоферма набежала.

90% подобных проблем решаются перезагрузкой компа или роутера.

Ну так крутите поведенческих, кто вам мешает. Клауд точно мешать не будет, не смотря на различные мифы, именно поведенческий бот для клауда = пользователь.

Трафик ДДОС и трафик поведенческих ботов, с большего - это разные трафики. Странно их вообще в кучу сбивать.
Ну и понятие защищенный сайт тоже какое-то размытое у вас. От чего защищенный? От кашля, простуды, хостер тариф от ддос продал, ну и далее. 

Массово это сколько? Все 5 человек, что прочли этот топик?