Если вам пришла жалоба DMCA, то в том же письме написано, что можно сделать и куда писать.
Если вы дочитаете сообщение до конца, то там все написано, что нужно и можно сделать
404 не влияют негативно, если вы сами на них не ссылаетесь на сайте. Если вы будете их удалять навсегда, то возможно стоит использовать 410.
с www или без, поисковику разницы никакой нет, главное чтобы у вас везде был один адрес, а не так, что одна страница открывается с www, другая без.
плюс главного зеркала с www в том, что на нем вы можете указать отдавать куки только для домена с www, а в случае главного зеркала без www, при наличии печенек, они будут отдаваться на всех субдоменах
Гуглеры говорят, что новые зоны не влияют на ранжирование - https://webmasters.googleblog.com/2015/07/googles-handling-of-new-top-level.html
за ссылками
Как вариант можно настроить в Google Analytics такой Event, чтобы при посещении данной страницы отстук шел. Также можно в Аналитиксе в Acquisition -> SEO -> Landing Pages смотреть какие страницы посещали.
Так и надо делать. Создайте соответствующую страницу, контент которой будет показываться при отдаче 404 кода, таким образом по каждой несуществующей ссылке браузер и бот будут получать соответствующий ответ.
У меня сейчас там стоит дефолтное значение:
%%title%% %%page%% %%sep%% %%sitename%%
В Yoast у меня показывает это в Titles & Metas -> Post Types -> Pages
