Логи надо смотреть и проверить отдачу.
надо посмотреть, в чем этот потомок апача заклинило, с помощью strace.
Убираете ссш на нестандартный порт или поставьте lfd/bfd и будет он вам бдеть и блокировать всяких негодяев.
А фаервол настраивайте, читая документацию, чтобы не заблокировать машину глухо.
демпинг - зло, особенно в экс-советском варианте. почему-то у нас он превращается в безумное и остервенелое снижение цены, без экономического обоснования, просто бездумно.
Ну, а для гурманов - spawn-fcgi + php собранное с поддержкой fastcgi :D
37 зелененьких хрустящих
Если у вас уже fastcgi external, то проще перевести на nginx целиком такие хосты.
http://www.leaseweb.com/en/products/dedicated-servers/packages/35/
это если не бюджетный вариант.
Даже точнее вот это - http://www.leaseweb.com/en/products/dedicated-servers/customize/35/151/
только права поставьте потом, если создали вручную, необходимые.
отключите сжатие и попробуйте, возможно, что некорректная длина выдается скриптом. Проведите тест без сжатия и просмотрите заголовки таким же запросом, как и бот это делает, хоть через wget.
