Вариант с доменами более предпочтительный так как вы сложите "яйца в разные корзины" для поисковиков будет проще, с точки зрения управления будет прозрачнее, да и коммерческая ценность всего проекта будет выше, так же как две однокомнатные квартиры стоят дороже чем одна трешка.
у домена есть преимущества для продвижения а у папки нет их и все собственно потому и большинство выбирает домен.
Еще один фактор это управление нагрузкой, в папке все на одном серваке, в домене проще гораздо разделить на разные сервера, потому при управлении масштабированием будет гораздо проще.
