Бывают исключения - смотря какой запрос, например:
1) Запрос НЧ, или микроНЧ - результат появления ваших 2х сайтов одновременно по этому запросу вполне себе высоковероятен
2) Есть некая организация, у нее 2 сайта, на обоих указано название фирмы и по брендовому запросу эти сайты вполне себе могут появляться.
Сделай так, чтобы сайты были привязаны к разным аккаунтам в Яндекс.Метрике и Я.Вебмастере
Через месяц-два смотри результат.
На вебмастер Гугла-пох, у Гугла нет понятия "Аффилиат" - есть понятие - дубль страницы, если страница схожа (текстовые факторы) более чем на 80% - тогда останется 1 сайт в выдаче.
Для Яндекса, если продвигаешь 2 сайта аффилиата - критично нахождение их в одном аккаунте отслеживания (Вебмастер и метрика)
Насчет одинаковых WHOIS - значит на одном хостинге сайт, я бы разнес на разные
Собственно как делал я:
Разные телефоны
Разные адреса
Разнес сайты на разные хостинги
Разнес сайты на разные аккаунты в яднекс.вебмастере и метрике
дизайн у сайтов разный
продукция - одинаковая
регион - одинаковый
ссылочная масса - пересекается на 40%
Результат: сайты, которые были аффилированы год вышли из под фильтра за месяц.
Сейчас: с ноября 2013 по настоящее время расклеены.
Учитывай эти факторы.
Есть еще некие параметры, типа
Одинаковый движок
Близкие даты регистрации
и еще что-то - уже не помню
Все не так страшно, на самом деле, все орут больше.
Вывел следующим образом 2 сайта одной фирмы:
1)Полностью удалял данные из Я.Справочника для 2х сайтов
2)Далее один сайт выносился на другой хостинг и IP
3)На сайты вешались разные телефоны
4)На один сайт вешалась Я.Карта с новыми контактными данными в Я.Справочник
5)На второй сайт вешалась Г.Карта с контактными данными
6)Разные дизайны сайтов
7) Письмо в Яндекс
Результат:
Сайты вышли из аффилиатов через 2-3 недели.
Уже 7 месяцев существую как 2 разных сайта и ранжируются отлично.