Пропадают клики

Более-менее корректная статистика в Метрике формируется за 24-48 часов, не раньше. Сами яндексоиды об этом публично говорят.

Я проверял более старую статистику, которая должна была уже сформироваться полностью. Плюс я перепроверяюсь статой в партнерке. Тут дело не в задержках. Траф просто пропадает куда-то.

Ссылка в объявлениях - это ссылка на партнерскую программу или непосредственно на сайт?

На мой сайт. На нем же висит метрика. Сравниваю только цифры, которые показывает метрика и стата директа.

Стоит просмотреть посещения по одному в метрике, например в вебвизоре или через стандартные отчеты, где будет видно номер кампании, объявления, ключ и т.д.

Таким образом можно увидеть конкретный клик который был зафиксирован в метрике и в директе и соответственно те, которые зафиксировались только в директе. От этого и дальше смотреть. Как вариант, запустить кампанию с конкретного часа, и просмотреть через полчаса, судя по количеству ваших кликов в день, там надо будет просмотреть пару десятков кликов чтобы найти разницу.

Я далёк от html и т.п. программинга. Но не может ли быть ситуация, когда сайт грузится медленно и код метрики не успевает загрузиться? Может его повыше приподнять?

В таком случае поможет анализ логов вебсервера - посмотри сколько было обращений к вебсерверу от трафика с директа (по utm-меткам или рефереру). Если количество будет примерно совпадать с статистикой директа, то проблема в вызове счетчика метрики.