По поводу поведенческих факторов

Если вы действительно сделали хороший счётчик - то дело тут в количестве посещений. Есди их достаточно много даже в статистике поисковика (от 1000), то в процентном соотношении цифры врядли будут сильно расходиться. Если же у вас со статистиками оисковиков действительно ооочень сильно расходятся мнения - напишите запрос этим поисковикам. Мол, как так? Но, опять таки, только если вы действительно уверены в безошибочности кода своего счётчика.

Поисковики видят весь путь, в яше ажно есть вебвизор, где вы можете смотреть реальные действия пользователей, прямо наблюдать, как они водят грызуном по вашему сайту. Но это нужно натроить, там особый код нужно вставить в ваш сайт, помимо обычного кода яши.

счётчик писал программист,

он меня вполне устраивает,

опасения в другом -

поисковики не видят часть моих посетителей,

не может ли это сказаться в занижении выдачи по запросам?

и как продолжение вопроса -

реальные переходы с соц. сетей как- то учитываются при формировании выдачи, если в ссылке присутствует нужный ключ?

Ну, тут нужно смотреть, насколько они занижают, как я писал выше. Вообще каждый счётчик учитывает разные параметры, и никто не может точно сказать реальную цифру уникальных посещений. Это впринципе невозможно. Поэтому смотрите, если У них реально намного ниже счётчики - то нужно у них и спросить об этом. Вообще, да, посещаемость сайта влияет на выдачу в некоторой мере. В том числе и на переходы из социалок.

Это да. И тут уж если у вас не совпадают результаты переходов из социалок, то что-то где-то не так точно. Ибо поисковики очень даже хорошо отслеживают эти переходы.

Кстати говоря, если писал ваш счётчик левосторонний програмист, то есть вероятность, что он специально создал алгоритм, радующий глаз кол-вом посещений. В отличае от поисковиков, которым до удовлетворения вас дела нет абсолютно.