Ссылки с event.preventDefault() с точки зрения Seo

Всё по классике. JS ссылки не влияют, влияют ссылки вида <a href>. Поисковый бот по кнопкам не нажимает.

Негативные/позитивные последствия чего? Технологического использования JS событий? Такое не запрещается. 

По событиям в Метрике оценивают цели и конверсии.

Если это функция полезная для пользователей - внедряйте. Если она будет только мешать и вызывать раздражение - убирайте.

Сами по себе технологии не несут вреда, результирующую полезность надо оценивать по факту пользовательского взаимодействия.

Есть и ещё одно неочевидное следствие. Если в результате запуска функции на странице будет выводиться какой-то целевой контент, который необходим для индексации, а без нажатия на кнопку его в коде нет, то соответственно он проиндексирован и учёт не будет. Вот это (в зависимости от архитектуры проекта и реализации рабочих выводов) может создавать довольно внушительные проблемы.

Короче говоря, на вопрос нужно смотреть контекстно c учётом всех рабочих обстоятельств, а не выборочно в отношении отдельной JS функции.

Немного не так. В исходном коде такая ссылка выглядит именно как обычная сылка <a href="/хлопат-в-ладоши.html">хлопать владоши</a>

а где то в другом месте страницы в <script></script> пресекается действие по умолчанию свойственное для клика по таким ссылкам. Вместо перехода  ссылке  при клике на <a href="/хлопат-в-ладоши.html">хлопать владоши</a> текущая страница начинает хлопать в ладоши. 

Здесь /хлопат-в-ладоши.html :

<h1>Функция хлолпать в ладоши</h1>

описание функци

покажите конкретный пример

Далее в js

<script></script>

const link = document.querySelector('a');
link.addEventListener('click', function(event) {
// 1. Отменяем переход
event.preventDefault();
});

И есть страница /import.html где Заголовок и описание посвящённые этой функции.

Если кликнуть по ссылке обычным способом, перехода по ссылке не будет, запустится импорт из файла. Но всё ещё можно перейти по ссылке, кликнув по ней правой кнопкой мышки или через долгий тап, вызвав контекстное меню и выбрав "открыть в новой вкладке".

Таким образом, я хочу создать страницы с описанием каждой функции и указать на них без дополнительных ссылок где либо кроме карты сайта. Пользователю пояснить - как перейти на страницу справки по нужной функции.

главное зачем ? 

это все фигня и даже заморачиваться над этим нет смысла, пс пофигу на это 

Если контекст вопроса сугубо в данной функции, то это и не вопрос SEO.

Делайте, не беспокойтесь.

Сделайте проще: оставьте кнопку кнопкой для вызова JS-функции, а рядом поставьте аккуратную иконку вопроса (?) с нормальным href, ведущим на страницу справки. И боты сыты, и пользователи не ломают голову

Клоакинг это когда боту отдают один html, а юзеру другой по UA IP. Здесь оба получают абсолютно идентичный DOM, просто бот игнорирует клиентские JS-события

Да, думал такой вариант. Визуально не понравилось и ломается логика, когда вся строка пункта меню = кнопка. Ну и там смысл конгениальной идеи был использовать ссылки с анкорами, хз мб это как то усилило сигнал для пс. Так то само приложение самодостаточное, я бы вообще ограничился одной страницей самого приложения. Без h1 и описаний. Но без "этого вот всего этого" и без доп страниц  с нч ключами по теме вряд-ли кто-то кроме меня найдет это приложение, даже те, кому реально нужно). Делал в принципе для себя, но думаю выложить в паблик.