Подскажите по иерархии файлов WordPress – а именно home.php

Вот хз может ты действительно какой-то бот форумный и создаешь темы для поддержания активности в рандомном порядке... Но как человек, который столько лет  работает с WP, ведет компьютерный блог, может задавать такие вопросы, я не понимаю. Первое, что я сделал, начав работать с ВП - залез в доку и прочитал про его организацию, иерархию, чтобы понимать как это работает, что за что отвечает. Думаешь тут тебе ответят лучше, чем это описано в доке? Или за тебя поискать это и ткнуть? В шоке просто...

В WP используется довольно сложная схема (есть визуализация), показывающая связь типов страниц и файлов. Многие любят WP именно за эту "гибкость", а многие ненавидят. Гуру программирования обычно состоят во втором лагере.

Обычно убирают (собственное) основное содержимое (не сам список, естественно) и добавляют к имени страницы текст наподобие " - страница N". Также есть подход индексировать только первую страницу списка, тогда дополнительные страницы можно сделать такими же.

Прислушайтесь, что вам повторяют из раза в раз. Я, конечно, понимаю, что бывает сложно, т.к. нет базового образования. Но в общем можно составить поисковый запрос даже на основе обычных ключевых слов, не то что "промт" для какого-нибудь "чата".

Тот редкий случай когда ИИ прав, потому что он просто прочитал документацию WP за тебя)) 

Это все понятно, но как правильно сделать, оставить только на главный дополнительный контент, а на остальных страницах убрать его, оставив только основной?

Что за "дополнительный контент"? Я же написал, что обычно убирают на дополнительных страницах списка.

Возможно, ваш "дополнительный контент" - это на самом деле "основной контент".

Дополнительный контент – подборка дополнительного материала, типа популярное, интересное, разное, и т.п. в небольшом количестве, для разнообразия, возможно увеличения просмотров, заинтересованности, кликов, который выбирается из основного контента, но на основании там количества комментариев, просмотров и т.п.

Если это не сайдбар, который выводится на всех страницах, то убрать. На второй странице пагинации должен быть список контента из связанного раздела. Если там реально кто-то пагинирует) можно через x строк навтыкать рекламы, но обычно это "чтоб было" и чтоб поисковикам было где погулять. Я иногда вообще отказываюсь пагинации. Есть витрина на главной с новым и топом. Есть карта сайта для пс, на страницах материалов есть релевантные подборки. Для обычного пользователя пагинация скорее всего не нужна, если это на каталог магазина или что-то где она она как раз мб нужна 

Нет это не сайдбар. Но и список контента не из связанного раздела, а с главной страницы сайта, ну как бы последние добавленные статьи и их пагинация. С разделами, тегами, архивами и т.д. понятно, там только то что должно быть.

Ты это мышкой рисовал в пэинте?

Слушай, тебе не вордпресс программистом надо быть, а художником. Пэинт художником.