Стоит ли модифицировать теги/метки в WordPress?

плохой тег

Я бы убрал. Теги нужны для того, чтобы было удобно находить определенные записи, которые связаны с этим тегом, а в вашем случае от них какая польза? Куча одинаковых страниц точно на пользу сайту не пойдут.

теги, категории и другие кастомные таксономии, имеют страницы своих архивов, которые являются важным элементом внутренней перелинковки сайта. Уберёте тег — уберёте элемент перелинковки для опубликованного поста. Положительно это или нет? Это негативно влияет на релевантность поисковой выдачи, если удалённый тег был релевантным анкором.

Поработать стоит, но не так, как вы написали. Теги группируют статьи в пересекающиеся группы по какому-то общему признаку. Соответственно, вам нужно добавлять одинаковые теги к разным статьям, чтобы количество статей в теговых группах увеличивалось. Тег (как группу/категорию) можно и удалить, если он малополезный (неправильно выбран).

Теги нужны для того чтобы пользователь мог найти релативный по ним контент,  который можно выводить не тегами, а кодом к примеру 2-3 записи из текущей категории после тегов.

Ставить одинаковые теги ко всем статьям это как минимум тупо, нужно ставить один тег который обычно либо категория либо относится к категории типа главного тега. Если расчёт на то что юзер после прочтения захочет нажать - то лучше выводить кодом релативные 2-3 штуки из текущей категории, как вариант.