Яндекс.Вебмастер - пропали сайты

Почему точно? )

Например тем что бот проверяльщик Яндекса случайно не наткнется на 500 или 400 ошибку (например, в эту секунду у вас наплыв ботов и боту яндекса вовремя не был дан ответ сервером). Или например ровно в эту секунду хостер что-то ломал на сервере, и тот был недоступен. Бот не смог увидеть файл с подтверждением, и сбросил права в вебмастере.

Судя по массовости проблемы с отвалом сайтов, а также их повторным отвалом после ручного добавления - проблема не в сайтах и хостерах. Поэтому и возник вопрос в части вашей формулировки "тогда точно не отвалится". Гарантировать ничего нельзя, проблема на стороне яши и не важно как был подтвержден сайт.

p.s. проблемы далеко не у всех. У кого-то никаких изменений, у кого-то пропажи.

Ну а по поводу сброса прав из-за недоступности сайта в ту секунду, когда яндекс чекает файл - сброс от этого не произойдет, должно быть несколько безуспешных попыток проверить файл. Попытки растянуты по времени. Также, по поводу ДНС есть нюанс - если ДНС будет от хостера, а тот уложил все у себя - то и через ДНС проверка не пройдет ) Поэтому, все же, этот способ ничего не гарантирует )

Спорить не буду, могу говорить только за себя. Лично у меня ни один сайт не пропал из вебмастера. Но у меня все прописано именно в ДНС, причем не хостерском, а от Cloudflare.