Ispmanager 6 перезапишет мои изменения в конфигурационных файлах веб-серверов или оставит?

Раньше затирал, как сейчас не знаю

Вы должны понимать, что любая панель как раз и создана для того, чтобы автоматизировать управление конфигами. То есть использование панели не предполагает параллельную работу методов ручной настройки и настройки панелью. Во многих панелях есть функционал внесения изменений в конфиги сайтов через саму панель, лучше пользоваться данным функционалом.

Это я понимаю, поэтому и не хочу ничего менять, т.к. пока все работает нормально, как говорят работает не трогай.

Так в том-то и вопрос, я знаю, что даже через панель управления под root’ом можно кликнуть на веб-сайт и там изменить конфигурационный файлы веб-серверов, как apache, так и nginx, хотя я это могу сделать и через консоль, но не важно, важно, что произойдет, когда я опять через панель управления поменяю какие-либо настройки у веб-сервера, перезапишет ли конфигурационный файл, удалятся ли мои изменения и т.п.

Это я понял, это я видел, а потом, когда я зайду обычным пользователем в Сайты -> Изменить и что-нибудь изменю, например, в Оптимизация и защита от DDoS – Уровень сжатия или сниму галочку настроить кэширование, мои изменения в конфигурационном файле nginx останутся или перезапишутся, ведь после этих манипуляций панель управления должна изменить конфигурационный файл nginx.

Там это правиться регулярками, если ничего удалять не будете, то всё будет нормально.

НО... я бы рекомендовал использовать папку: /etc/nginx/vhosts-includes/ или /etc/nginx/vhosts-resources для своих конфигов. Это безопаснее во всех смыслах.

Понятно, спасибо за ответ, пока не буду ничего менять, боюсь трогать т.к. работает все нормально, но с папками и идеей инклудить свои дополнительные отдельные конфигурационные файлы возьму на заметку, надеюсь их-то панель не удалит.

Если использовать шаблонизатор конфигурационных файлов, то ничего не перезапишется:

https://www.ispmanager.ru/docs/ispmanager/shablonizator-konfiguraczionnyh-fajlov

Вообще не советую туда лезть, особенно для мелких проблем как у ТС. Там делать только основательные доработки и чтобы это не перебивалось с новыми доработками панели, которая эти шаблоны тоже обновляет для себя и добавляет функционал.